MA Al Ma’had An Nur berdiri sejak tanggal 22 Oktober 1996 di bawah Yayasan Al Ma’had An Nur. Lokasinya menyatu dengan komplek Pondok Pesantren An Nur di Ngrukem, Pendowoharjo, Sewon, Bantul, Darah Istimewa Yogyakarta yang didirikan dan diasuh oleh K.H Nawawi Abdul Aziz.
Keberadaan MA ini sebagai reaktualisasi adanya animo masyarakat yan mendesak kepada Yayasan agar para santri yang masuk pondok setelah tamat SMP/MTs dapat melanjutkan pendidikan formalnya, yaitu di Madrasah Aliyah Al Ma’had An Nur. Kurikulum MA Al Ma’had An Nur sebagai program pendidikan di Pondok Pesantren Mengakomodir kurikulum pesantren dan kemenag dengan tetap menjaga dan mempertahankan ruh kepesantrenan yang berciri khas pada Tahfidz Al-Qur’an dan kitab kuning, sehingga mampu menciptakan generasi bangsa yang memiliki daya intelektual tinggi, berwawasan kebangsaan, berjiwa religius, serta bertakwa kepada Tuhan yang Maha Esa.
Untuk memberikan kenyamanan belajar bagi santri/siswa di bawah Yayasan An Nur Bantul, disediakan beberapa asrama santri yang cukup memadai dan representatif, sehingga siswa/santri tetap kondusif dalam belajar dan mengaji.